JRE по умолчанию используется для компиляции и запуска программ Java во всех проектах, если она не была переопределена специальным образом в пути компоновки проекта или в конфигурации запуска.
Для того чтобы изменить JRE по умолчанию:
Java > Установленные JRE.
Общие > Рабочая область), это может привести к началу компоновки.

Средства разработки на Java (JDT)
Добавление нового определения JRE
Выбор JRE для запуска проекта
Работа с JRE