Para excluir um marcador:
Janela > Mostrar Visualização > Outro... > Geral > Favoritos).Se você tiver adicionado marcadores para linhas específicas dentro de um arquivo de origem, será possível também excluí-los ao editar o arquivo, clicando com o botão direito do mouse no ícone do marcador na área do editor.

Criando um marcador para um arquivo inteiro
Criando um marcador dentro de um arquivo